私自转让土地建房法院会判决协议无效吗

会判决无效的。农民集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农建设。原、被告私下达成的农用地转让协议，违反了国家法律的强制性规定，双方签订的土地转让协议无效。合同被确认为无效后，当事人因该无效行为取得的财产应予以返还，双方私自转让的土地仍归被告所有。原告在协议签订后，即组织人员对该地块进行了开发，造成该土地一定程度的破坏，应当进行恢复、平整。
《土地管理法》
第六十三条农民集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设；但是，符合土地利用总体规划并依法取得建设用地的企业，因破产、兼并等情形致使土地使用权依法发生转移的除外。