南京中医药大学选取品牌、特色专业用于综合评价招生，招生计划不超过本校2023年本科招生计划总数的5%。(本年度招生专业和计划最终以省级教育主管部门公布为准)
| 首选科目 | 专业名称 | 再选科目 | 学制 | 计划数 |
| 历史 | 中医学（本博连读）（中医拔尖创新人才培养模式改革） | 化学或生物 | 9 | 1 |
| 中西医临床医学（本博贯通培养） | 化学或生物 | 5+4 | 1 | |
| 中医学（本硕连读）（中医拔尖创新人才培养模式改革5+3一体化） | 化学或生物 | 5+3 | 2 | |
| 中医学 | 化学或生物 | 5 | 7 | |
| 中医学（妇产科学） | 化学或生物 | 5 | 2 | |
| 中医儿科学 | 化学或生物 | 5 | 2 | |
| 中西医临床医学 | 化学或生物 | 5 | 8 | |
| 针灸推拿学 | 化学或生物 | 5 | 5 | |
| 中医养生学 | 化学或生物 | 5 | 3 | |
| 中医康复学 | 化学或生物 | 5 | 2 | |
| 物理 | 中医学（本博连读）（中医拔尖创新人才培养模式改革） | 化学或生物 | 9 | 2 |
| 中西医临床医学（本博贯通培养） | 化学或生物 | 5+4 | 2 | |
| 中医学（本硕连读）（中医拔尖创新人才培养模式改革5+3一体化） | 化学或生物 | 5+3 | 6 | |
| 中医学 | 化学或生物 | 5 | 15 | |
| 中医学（妇产科学） | 化学或生物 | 5 | 3 | |
| 中医儿科学 | 化学或生物 | 5 | 3 | |
| 中西医临床医学 | 化学或生物 | 5 | 15 | |
| 临床医学 | 化学或生物 | 5 | 18 | |
| 临床医学（老年医学） | 化学或生物 | 5 | 10 | |
| 针灸推拿学 | 化学或生物 | 5 | 6 | |
| 中医养生学 | 化学或生物 | 5 | 3 | |
| 中医康复学 | 化学或生物 | 5 | 5 | |
| 中药学（与中国科学院上海药物研究所本博贯通联合培养） | 化学 | 4+5 | 8 | |
| 中药学类 | 化学 | 4 | 15 | |
| 药学类 | 化学 | 4 | 15 |
注：考生选考科目必须符合报考专业选考科目要求。
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